Chiếc quách của Akhenaten được phục dựng lại từ những mảnh vỡ mà được phát hiện trong ngôi mộ ban đầu của ông ở Amarna, ngày nay nằm tại Bảo tàng Ai Cập, Cairo.

Lần xuất hiện cuối cùng của Akhenaten cùng với gia đình hoàng gia Amarna mà có ghi rõ ngày tháng đó là trong ngôi mộ của Meryra II, và niên đại của nó là vào tháng thứ hai, năm trị vì thứ 12 của ông[49]. Sau thời điểm này, những ghi chép lịch sử đều không rõ ràng và chỉ có duy nhất sự kế vị của Tutankhamun là đã được biết rõ.

Vào tháng 12 năm 2012, các nhà khảo cổ học tuyên bố rằng họ đã tìm thấy một bản khắc đá với niên đại được ghi rõ là vào ngày 15 tháng thứ ba mùa Akhet năm thứ 16 của Akhenaten, nó cũng đề cập đến sự hiện diện của Nữ hoàng Nefertiti trong cùng một dòng, bản khắc này được phát hiện tại một mỏ đá vôi nằm ở Deir el-Bersha phía bắc của Amarna[50][51][52].Nội dung của nó đề cập đến một dự án xây dựng ở Amarna, và cho chúng ta biết được rằng Akhenaten và Nefertiti vẫn là một cặp vợ chồng hoàng gia chỉ một năm trước khi Akhenaten qua đời.

Cỗ quan tài của Akhenaten được tìm thấy trong ngôi mộ KV55Hộp sọ xác ướp KV55

Mặc dù các nhà nghiên cứu ngày nay thừa nhận rằng bản thân Akhenaten đã qua đời vào năm trị vì thứ 17 của mình, chúng ta vẫn chưa biết rõ liệu rằng Smenkhkare có thể đã đồng nhiếp chính với ông trong khoảng từ hai hay ba năm trước đó hay là ông ta đã tự mình cai trị trong một thời gian ngắn.[53] Nếu thực sự Smenkhkare đã sống lâu hơn Akhenaten và trở thành vị pharaon duy nhất trị vì, ông ta có thể đã cai trị Ai Cập ít hơn một năm. Người kế vị tiếp theo là Neferneferuaten, một nữ pharaon đã trị vì Ai Cập trong hai năm và một tháng [54]. Tiếp theo sau đó, bà có lẽ đã được kế vị bởi Tutankhaten (sau này là Tutankhamun). Tutankhamun được cho là em trai của Smenkhkare và là một người con trai khác của Akhenaten, mặc dù vậy cũng có giả thuyết cho rằng Tutankhamun có thể là con trai của Smenkhkare. Nhờ vào kết quả xét nghiệm DNA trong năm 2010, chúng ta biết được rằng Tutankhamun thực sự là con trai của Akhenaten[55]. Ngoài ra cũng có giả thuyết khác cho rằng sau khi Akhenaten qua đời, Nefertiti đã cai trị với tên gọi là Neferneferuaten[56] nhưng một số học giả khác thì lại tin rằng vị nữ pharaon này là Meritaten. Tấm bia đá nhiếp chính được tìm thấy trong một ngôi mộ ở Amarna, có thể cho thấy hoàng hậu Nefertiti như là người đồng nhiếp chính với ông và cai trị bên cạnh ông ta, thế nhưng điều này không hẳn là chắc chắn bởi vì những cái tên trên tấm bia đá đó đã bị xóa bỏ và được khắc lại là Ankhesenpaaten và Neferneferuaten.[57]

Cùng với sự qua đời của Akhenaten, giáo phái thờ cúng thần Aten mà ông sáng lập đã dần dần mất đi sự ủng hộ. Tutankhaten sau này đã đổi tên thành Tutankhamun vào năm trị vì thứ hai của ông ta (1332 TCN) và từ bỏ thành phố Akhetaten, mà cuối cùng thì cũng rơi vào tình trạng đổ nát. Những vị vua kế vị ông ta là Ay và Horemheb đã phá bỏ các ngôi đền mà Akhenaten xây dựng, bao gồm cả ngôi đền ở Thebes và sử dụng những vật liệu xây dựng từ chúng cùng với những họa tiết trang trí có sẵn để xây dựng những ngôi đền của họ. Không những vậy, thi hài của ông đã được dời đi sau khi triều đình quay trở lại Thebes, và thông qua các phân tích di truyền học gần đây các nhà khảo cổ học đã xác nhận rằng thi hài được tìm thấy trong ngôi mộ KV55 chính là cha của Tutankhamun, và do đó "nhiều khả năng là" Akhenaten[58].Ngôi mộ này còn có chứa nhiều đồ vật có niên đại thuộc về thời kỳ Amarna, trong số đó có một mặt nạ tang lễ hoàng gia đã bị hủy hoại một cách có chủ ý. Chiếc quách bị đập vỡ của ông đã được phục dựng lại và hiện nay đang được trưng bày ở bảo tàng Cairo.

Sau cùng, Akhenaten, Neferneferuaten, Smenkhkare, Tutankhamun, và Ay đều đã bị loại tên khỏi những bản danh sách chính thức về các pharaon, thay vào đó chúng ghi lại rằng Amenhotep III được Horemheb kế vị một cách trực tiếp. Điều này được cho là một phần trong một nỗ lực của Horemheb để nhằm xóa bỏ tất cả các dấu vết của giáo phái thờ cúng thần Aten và các vị pharaon gắn liền với nó khỏi lịch sử.[59] Tên của Akhenaten đã không còn xuất hiện trong bất kỳ bản danh sách vua nào được biên soạn dưới triều đại của các vị pharaon sau này và phải mãi cho đến tận cuối thế kỷ 19 thì danh tính của ông mới được tái phát hiện và những dấu vết còn sót lại thuộc về triều đại của ông cũng đã được các nhà khảo cổ học khai quật.

Mảnh phù điêu vỡ cho thấy phần đầu của một vị vua có thể là Akhenaten, và tên đồ hình thời kỳ đầu của Aten. Triều đại của Akhenaten. Từ Amarna, Ai Cập. Bảo tàng khảo cổ học Ai Cập của Petrie, London

Bản thân Akhenaten còn được nhắc đến như là "kẻ thù từ Akhetaton" trong văn kiện Mes có niên đại vào thời kỳ Rameses bởi vì người Ai Cập đã hoàn toàn chối bỏ cuộc cách mạng của ông vào thời điểm này và sự khủng hoảng do nó tạo nên.[60]